Das Missionszentrum ermöglicht die Planung von Missionen und deren Durchführung. Je höher und besser die zur Verfügung stehende Technologie des Missionszentrums ist, desto mehr Missionen können gleichzeitig verwaltet und organisiert werden.
Es gibt Einsätze, welche manchmal mehrere Monate andauern können und wenn das Missionszentrum nicht hoch genug ausgebaut ist, können keine weiteren Missionen in diesem Zeitraum gestartet werden. Ein Missionszentrum sollte ein gewisses Niveau haben, um schnell und spontan neue Missionen anstoßen zu können.
Vom Missionszentrum aus können die eigenen Droiden auch zurückgerufen werden, wenn die Aufklärung z.B. besagt, dass das Zielgebiet zu stark verteidigt wird.
Das Missionszentrum kann den Droiden aber auch einen Selbstzerstörungscode übersenden, der taktische Nutzen dieser Funktion ist jedoch dem Commander überlassen und kann nicht rückgängig gemacht werden.

Funktionsweise: Ermöglicht je Level die Durchführung von 2 weiteren Missionen gleichzeitig.